重点实验室实行学校领导下的学术委员会负责制。学术委员会是本实验室的学术指导机构，负责审议重点实验室的目标、任务和研究方向；审议重点实验室的重大学术活动、年度工作，审批开放研究课题；向区内外各地质勘查单位发布重点实验室基金课题指南，并组织领导重点实验室基金项目的申报、评审、监督等职责。
重点实验室以较完备的规章管理制度和激励机制保证重点实验室的运行及管理。通过这些管理措施，给与校内师生和区内外客座人员进行科学实验与研究的空间，形成严谨求实的学术氛围和积极向上的学术风气，树立悟真求实、实事求是的学术道德规范。
实验室的所有仪器设备由仪器设备管理员负责总管理，各功能实验室所用设备由各功能实验室管理人员负责具体管理。仪器设备建立总账和各功能实验室分账，管理员每年与各功能实验室核查账物。固定资产做到账、物、卡以及数据库完全相符。新进设备及时建卡入账。仪器设备借出履行登记制度。仪器设备及附件定位存放。
大型精密仪器设备的使用为专职人员负责。各台大型精密仪器设备都有健全技术档案，包括产品出厂的技术资料，及产品审批、购置、验收、运行使用、停机、维护直至报废整个寿命周期的记录和原始资料。仪器设备维护经费足额到位，维护维修经费保障分为日常维护维修经费和设备大修经费，专款专用。
重点实验室依靠学院相关机构组织实施实验室各项管理工作，制订有详细的管理规章制度，各功能实验室全面开放。实验室已启动了功能实验室网上预约系统，校内外科研人员和学生都可以很便捷的从网上了解重点实验室下辖各功能实验室实验设备信息，并进行网上预约。
为加快大型仪器设备向社会开放共享，充分发挥大型仪器设备在教学科研中的作用，调动教学、科研及仪器设备 管理人员积极性，提高仪器设备管理水平和使用效益，根据国务院《关于国家重大科研基础设施和大型科研仪器向社会开放的意见》和《桂林理工大学开放实验室管理办法》，仪器设备的使用应优先保证完成教学、科研任务需要，鼓励大型仪器设备对全校和社会开放共享，努力提高仪器设备使用效益。
广西隐伏金属矿产勘查实验室不断加强仪器设备开放共享，并加入了学校大型仪器设备共享信息平台。2018-202 0年度，大型仪器设备每年运行机时超过20000小时，对外服务超过4000小时。中国科学院、中国地质大学、中山大学 、广西区域地质调查研究院、广西地质矿产勘查开发局和中国有色桂林矿产地质研究院等单位科研人员先后在本实验 室开展研究工作。
