重点实验室通过多种途径积极寻求与国内外知名高校和科研机构开展双边、多边合作研究，加强学术交流，通过科研项目的合作，进一步拓展实验室研究人员的视野，提高实验室承担重大合作项目的能力。近三年来，实验室先后与广西壮族自治区地质矿产勘查开发局、浙江大学、中国地质大学、自治区地质调查院等机构建立了合作联系，开展科技攻关、人才交流培养。
1）与广西壮族自治区地质矿产勘查开发局共建了“广西关键矿产深部勘查人才小高地”（桂组通字〔2019〕85号），大力培养科学研究和专业技能人才，打造专业人才重点突出、优势明显、梯队层次合理的地质矿产勘查领域人才培养基地。
2）为响应落实自治区人民政府强区战略，加强与国内“双一流”高校的科技合作，与浙江大学签订了共建岩溶地区浅地表精细探测与环境地质灾害监测联合创新中心框架协议，已纳入自治区人民政府与浙江大学全面战略合作协议框架，合作开展重大科技攻关、推动科技成果转移转化、加强创新人才交流培养。
3）与中国地震局地质研究所合作，参与第二次青藏高原综合科学考察，重点实验室充分发挥自身科技优势，主要负责川藏铁路沿线主要断裂活动习性考察与研究，支撑解决青藏高原资源环境承载力、灾害风险、绿色发展途径等方面的问题。
4）重点实验室人员充分发挥地电化学集成技术在寻找隐伏矿产中的优势，先后与自治区地质调查院、河南省地质矿产勘查开发局、成都市新圣源科技有限公司等单位合作开展找矿预测工作，实现技术成果的有效转化,进一步提升区内外影响力。
5）重点实验室与美国加州大学圣迭戈分校（University of California, San Diego）和中国科学院新疆生态与地理研究所合作开展了中亚增生成矿域、环太平洋成矿域和特提斯成矿域地幔动力学研究，合作发表了多篇研究成果，美国加州大学圣迭戈分校Paterno R. Castillo教授参与申请了国家自然基金重大研究计划项目。
6）重点实验室与中国地质大学（北京）、中国科学院广州地球化学研究所等单位开展协同研究，针对难熔元素和同位素分析技术创建与革新及地学应用，承担了“难熔元素与同位素分析技术综合研究”的科技部重点研发计划。
7）重点实验室与国家海洋局第一海洋研究所开展了研究生联合培养和项目合作，聘任该研究所首席科学学石学法研究员和鄢全树研究员分别为博士生导师和硕士生导师。
